Muzeum Miasta Gdyni powołane zostało przez Prezydenta Miasta w dniu 1.01.1983.
Jednym z głównych celów Muzeum jest dokumentowanie i popularyzacja informacji o historii i współczesności Gdyni, rozwoju wsi, miasta i portu ze szczególnym uwzględnieniem znaczenia ośrodka miejsko-portowego w okresie II Rzeczpospolitej (1920-1939). Muzeum organizuje też wystawy artystów dawnych i przeglądy twórczości artystów współczesnych z kraju i zagranicy, często we współpracy ze związkami twórczymi i organizacjami.

Muzeum przygotowuje wystawy o tematyce historycznej, dotyczącej wydarzeń ważnych dla historii kraju i regionu, dotyczące zwyczajów, obrzędów – np. dawnych zwyczajów świątecznych, wystawy kolekcjonerskie – zbiorów malarstwa miniaturowego, zegarów ludowych, pocztówek, itp. Organizuje wystawy monograficzne – prac jednego artysty (rzeźbiarza, malarza, szkoły malarskiej) oraz problemowe z różnych dziedzin.

Od 2002 miasto Gdynia z Marynarką Wojenną przystąpiło do wspólnej inwestycji – budowy Muzeum Miasta Gdyni i Muzeum Marynarki Wojennej. W jednym budynku, ale każde w swojej części, znajdują się dwa muzea o uzupełniającym się charakterze. Muzeum Miasta Gdyni uzyskało w ten sposób 3015 m2 powierzchni, co pozwala na realizację stałych i nowych form działania i nowoczesne realizacje różnorodnych wystaw.

Muzeum mieści się przy ul. Zawiszy Czarnego (niedaleko Teatru Muzycznego). Budynek ma pięć kondygnacji, w których znajdują się magazyny zbiorów, pracownie konserwacji, biblioteka i czytelnia, sala audiowizualna, sale wystawowe i galeria sztuki. Na różnorodne formy działań wystawowych przeznaczonych zostało ok. 1750 m2. Otwarcie nowego gmachu odbyło się 16.11.2007 z udziałem Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego.