Inicjatywa utworzenia Muzeum Historii Żydów Polskich narodziła się w Stowarzyszeniu Żydowski Instytut Historyczny i stopniowo zyskała uznanie zarówno w Polsce, jak i na świecie. Dzięki wsparciu indywidualnych oraz instytucjonalnych darczyńców z całego świata możliwe było rozpoczęcie w 1995 r. prac nad projektem Muzeum i kontynuowanie ich – jako inicjatywy społecznej – aż do roku 2005. Patronat nad tworzeniem Muzeum objął Prezydent RP Aleksander Kwaśniewski, a pod przewodnictwem Shimona Peresa, prezydenta Izraela, działa Międzynarodowy Komitet Honorowy Muzeum, w skład którego wchodzą wybitne osobistości z wielu krajów.

Dzięki funduszom otrzymanym głównie od osób prywatnych i fundacji z USA, Niemiec, Wielkiej Brytanii i Polski z czasem możliwe stało się opracowanie projektów przyszłego Muzeum, zgromadzenie unikatowej dokumentacji o polskich judaikach na świecie, a także obudzenie szerokiego poparcia międzynarodowego, które jest konieczne dla zebrania funduszy potrzebnych do projektowania i produkcji Wystawy Głównej.

Muzeum jest pierwszą w Polsce publiczno-prywatną instytucją tego typu stworzoną wspólnie przez rząd, samorząd lokalny i organizację pozarządową. Na mocy umowy trójstronnej podpisanej 25 stycznia 2005 r. przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Prezydenta m.st. Warszawy oraz Przewodniczącego Stowarzyszenia ŻIH, strona publiczna finansuje m.in. budowę budynku Muzeum, natomiast Stowarzyszenie ŻIH odpowiada m.in. za sfinansowanie i organizację procesu tworzenia Wystawy Głównej (szczegóły: Partnerstwo publiczno-prywatne)

Muzeum ma stać się punktem odniesienia dla wszystkich zainteresowanych dziedzictwem Żydów polskich oraz znakiem dokonującego się przełomu we wzajemnych stosunkach Polaków i Żydów. Sto tysięcy Żydów przyjeżdżających corocznie do Polski znajdzie w nim najważniejsze informacje, które pozwolą im świadomie kształtować własne plany podróży do miejsc ich rodzinnej historii. Istnienie Muzeum powinno wspomóc rozwój tożsamości żydowskiej, wśród odradzającej się wspólnoty Żydów polskich, a jednym z jego zadań będzie wspieranie wielu inicjatyw lokalnych i ogólnopolskich, podjętych w demokratycznej Polsce, by na nowo przemyśleć doświadczenie współżycia obu społeczności. Program Muzeum będzie swego rodzaju portalem, dającym ogólną orientację i kierującym wszystkich zainteresowanych do miejsc, w których przypominane są zarówno jasne jak i ciemne karty polsko-żydowskiej przeszłości.

Muzeum powinno jednak nade wszystko stać się miejscem spotkań i dyskusji ludzi, którzy pragną lepiej poznać przeszłość i współczesną kulturę żydowską, którzy chcą zmierzyć się ze stereotypami i ograniczyć zjawiska zagrażające współczesnemu światu, takie jak ksenofobia i nacjonalistyczne uprzedzenia. W tym sensie, musi to być miejsce dla wszystkich, promieniujące ideami otwartości, tolerancji i prawdy.